Die Entstehung des Vereins.

Der Sportklub Niederösterreich St. Pölten wurde nach Auflösung seines inoffiziellen Vorgängers, des FCN St. Pölten, und dessen Vorgänger, der VSE St. Pölten, am 6. Juli 2000 gegründet. Der neue Verein übernahm vom FCN die gesamte Infrastruktur, das Stadion und auch die Patronanz über das Bundes-Nachwuchs-Zentrum. Durch die Übernahme des BNZ St. Pölten wurde der SKN nicht wie für einen neu gegründeten Verein üblich in der letzten Spielklasse eingeordnet, sondern durfte in der 2. Landesliga West, der fünften Spielstufe, beginnen.

Bereits in ihrer ersten Spielsaison schaffte die Mannschaft auf Anhieb den Meistertitel in der 2. Landesliga und damit den Aufstieg in die vierte Leistungsstufe.

In der 1. Landesliga kürte sich der Verein in der Folgesaison 2001/02 mit dem nächsten Titelgewinn zum Landesmeister und schaffte damit den Durchmarsch in die Regionalliga Ost. Im selben Spieljahr kam der SKN auch in das Finale des Niederösterreichischen Landescups, musste sich dort aber gegen den SC Theresienfeld geschlagen geben.

In der Regionalliga erreichte St. Pölten in der Premierensaison 2002/03 nur den zehnten Tabellenplatz.

In der Regionalliga steigerte sich der Verein im darauffolgenden Jahr auf den vierten Endrang.

In der Saison 2004/05 belegte der Verein den sechsten Rang und kam im ÖFB-Pokal mit teilweise sehr überraschenden Siegen über den SV Wörgl (3:0), und die Bundesligisten Schwarz-Weiß Bregenz (2:1) und Austria Salzburg (5:1) in das Viertelfinale. Im Viertelfinale hatte St. Pölten am 27. April 2005 gegen Austria Wien keine Chance und schied mit einer 0:6-Niederlage aus dem Bewerb aus.

Der Aufstieg in die zweithöchste Spielklasse gelang dem Wolfsrudel schlussendlich im Jahr 2007/2008. Das Ziel für diese Saison war ursprünglich ein Platz unter den ersten fünf, am Ende reichte es aber sogar zum Meistertitel vor dem großen Favoriten FAC Team für Wien. Besonders hervorzuheben war dabei eine Serie von insgesamt 24 ungeschlagenen Spielen (20 Siege, vier Remis).

Auch in der Ersten Liga konnten sich die Wölfe schnell etablieren und schlossen die erste Saison in der zweithöchsten Spielklasse als bester Aufsteiger ab. Seitdem gehörte man kontinuierlich zu den besten fünf Teams der Liga.

Den nächsten Meilenstein der Vereinsgeschichte stellte dann die Eröffnung der neuen NV Arena im Juli 2012 dar, die mit einem Turnier gegen den SK Rapid Wien und Sparta Prag eröffnet wurde.

Den nächsten Meilenstein erreichte man in der Saison 2013/2014, als man nach Siegen über die SV Ried (Viertelfinale, 2:1) und den SK Sturm Graz (Halbfinale, 1:0 n.V.) in das Finale des ÖFB Cups einzog und dort dem FC Red Bull Salzburg mit 2:4 unterlag. Diese Finalteilnahme reichte aber zur Teilnahme an der Qualifikation für die UEFA Europa League in der Folgesaison, in der man als erster österreichischer Zweitligist eine Qualifikationsrunde überstand. Gegen Botev Plovdiv aus Bulgarien setzte man sich nach zwei Spielen mit einem Gesamtscore von 3:2 durch und musste erst in der Folgerunde gegen den PSV Eindhoven mit einem Ergebnis von 2:4 die Segel streichen.

Im Folgejahr 2015/2016 gelang unseren Wölfen dann der langersehnte Aufstieg in die höchste österreichische Spielklasse. Ebendieser wurde unter Cheftrainer Karl Daxbacher mit einem Punkterekord von 86 Punkten eingefahren.

Von 2016 bis 2021 war der SKN St. Pölten Bestandteil der österreichischen Fußballbundesliga.

In der Saison 2020/2021 folgte der Abstieg in die zweite Liga, in der unsere Wölfe nun aktiv sind.